Berthold Labuda wurde in Karlsruhe geboren und studierte Kirchenmusik mit Abschluss des A-Examens an der Musikhochschule Freiburg bei Prof. Helmut Deutsch (Orgel), Prof. Betty Vergara-Pink (Klavier) und Prof. Dr. Hans Michael Beuerle (Dirigieren). In Berlin setzte er sein Studium bei Prof. Leo van Doeselaar sowie Prof. Erwin Wiersinga und Prof. Paolo Crivellaro an der Universität der Künste fort. Sein dort abgelegtes Konzertexamen im Fach „Künstlerisches Orgelspiel“ bestand er mit Auszeichnung. Ebenso vervollständigte er sein Studium im Bereich der Orgelimprovisation bei Prof. Wolfgang Seifen mit Abschluss des künstlerischen Diploms.
Er war 2009 und 2010 Assistenzorganist an der historischen großen Sauer-Orgel des Berliner Doms und wirkte als Kirchenmusiker in verschiedenen Berliner Gemeinden. Er nahm an verschiedenen Kursen teil (u.a. für Clavichord bei Heinrich Walther) und ist Preisträger internationaler Wettbewerbe (3. Preis beim Internationalen Mainzer Orgelwettbewerb 2010, 2. Preis beim Franz-Schmidt-Orgelwettbewerb 2012). Im Wintersemester 2011/2012 hatte er eine Lehrstuhlvertretung für Prof. Helmut Deutsch an der Musikhochschule Freiburg inne.
Neben seiner kirchenmusikalischen und pädagogischen Tätigkeit konzertierte Berthold Labuda im In- und Ausland, wie z.B. bei den Festivals Haarlem, Leipzig, Magadino.
Seit 2013 ist er als Kantor an der Propsteikirche St. Stephanus, Beckum (Westfalen), tätig und damit auch verantwortlich für die Betreuung der größten erhalten gebliebenen pneumatischen Orgel von Johannes Klais aus dem Jahre 1913 (III/60). Er und seine Ehefrau Julia, ebenfalls Organistin, Pianistin und Klavierpädagogin, bilden im übrigen zusammen ein Orgel- und Klavierduo, mit dem sie seit 2010 in Erscheinung treten.